מבוא לביואינפורמטיקה – חלק ב

שלום לכם, בפוסט לפנינו: נבין את החשיבות של העמדת רצפים, נלמד להכיר איך נראית העמדת רצפים ונלמד מהם העמדה מקומית והעמדה גלובלית. העמדת רצפים להלן רצף של DNA: והנה רצף של חלבון: כאשר אנחנו מתבוננים ברצף כלשהוא, זה יכול להיות…

מבוא לביואינפורמטיקה -חלק א

שלום לכולם, בסדרת הפוסטים זו נעשה סדר במושגים של הביואינפורמטיקה , נתחיל במבוא אליה וננסה להכנס לקרביים שלה על ידי כמה שיותר דוגמאות חיות והפניות לכלים רלוונטים רוב המחקר הביולוגי נעזר בסוגים שונים של יישומים מתמטים, סטטיסטיים או כלי חישוב…

הכנה לאנליזת רצפים של המיקרוביום

בפוסט הקודם על חקר המיקרוביום סיימנו עם כמות גדולה מאד של רצפים שהופקו על ידי מכשיר ה-PCR. בפוסט הזה נמשיך ונראה אלו תהליכים הרצפים שלנו צריכים לעבור על מנת שנפיק מהם את המידע שאנו רוצים הפוסט הוא תאורטי ולא נכנס…

שורת הפקודה של לינוקס – כלים שימושיים

שלום לכולם, הרבה זמן לא פרסמנו פוסט, מכל מיני סיבות. בכל מקרה אנחנו חוזרים לשגרה😎 בפוסט הזה נלמד: א. איך משתמשים בשורת הפקודות? ב. פקודות שימושיות עבור ביואינפואמטיקאים הרבה כלים ביואינפורמאטים מופעלים על ידי שורת הפקודות-Command line ( אם אין…

התקנת לינוקס

הפעם החלטנו לעשות שינוי קל ולהדריך על תחום קצת שונה וקצת יותר פרקטי וגם רלוונטי לכולם מערכת ההפעלה לינוקס או איך להתקין אובונטו? אז למה לינוקס? בקצרה, הרבה כלים ביואינפורמאטים דורשים עבודה באמצעות מערכת הפעלה מבוססת לינוקס, המערכת צורכת הרבה…

חקר המיקרוביום – איך זה עובד

בפוסט הקודם למדנו מהם מיקרוביום, מיקרוביוטא, ומטא-גנום.בקצה המזלג למדנו את שיטות הריצוף Shotgun sequencing וריצוף מכוון, וראינו שעל מנת לקבל מידע שהוא הרבה יותר רלוונטי לשלב ראשוני של המחקר אנחנו צריכים לרצף בשיטת ריצוף מכוון רצף שמכיל גם אזורים שמורים…

מיקרוביום

חקר המיקרוביום מהו מיקרוביום? מהו מטאגנום? ומהי מיקרוביוטא? ואיך עושים להם אנליזה?קצת רקע (בהמשך קצת פרקטיקה) מיקרוביוטה, מטא-גנום ומיקרוביום הן שלוש מילים המייצגות את המגמה ההולכת וגוברת של השנים האחרונות במעבדות מיקרוביולוגיה. מאחורי מילים אלו מוסתרות התשובות למחלות רבות כגון…